Supongo que habrá formas mejores de hacerlo o incluso herramientas concretas. El caso es que se pueden pasar las tablas de access a Mysql de forma sencilla de dos maneras

Usando el odbc

Se puede hacer todo desde windows.

  1. Instalamos el appserv que ya trae el apache+mysql+php+phpmyadmin.
  2. Instalamos el ODBC para mysql. 
  3. Creamos una BBDD mysql a través de phpmyadmin
  4. Metemos una entrada en el gestor de odbc para la nueva BBDD mysql.
  5. Abrimos access. Si no muestra las tablas y solo se ven formularios hay que iniciarlo con la tecla mayúsculas apretada: así veremos todos los objetos access (tablas, consultas,...)
  6. Seleccionamos una tabla y vamos a archivo>exportar. Exportamos a un origen odbc, seleccionamos la BBDD mysql y listo. La tabla pasará de access a Mysql

A través de ficheros CSV

El método anterior parece bastante automático pero puede que los acentos no se pasen correctamente. Así que podemos usar otra forma que asegure la presencia de nuestros queridos caracteres.

  1. Desde access exportamos las tablas en formato excel. O directamente a CSV
  2. Creamos una BBDD mysql para meter las tablas.
  3. Con cada tabla en formato CSV, con los campos separados por ; tenemos que importar los datos. Desde la consola de mysql hariamos lo siguiente:

mysql> load data infile '/tmp/tablaexportada.csv' into table nueva_tabla character set UTF8 fields terminated by ';';

En el comando load data podemos decirle el juego de caracteres (UTF8) y así las tildes se verán bien. Probado con access 2003 y mysql5