Supongamos un equipo con dos particiones:
1.- Una con windows 98 o XP
2.- La otra con windows2000 o 2003

Y ahora queremos meterle un linux. Para eso habra que hacer sitio para una particion,
ya sea con el partition magic, o con un liveCD con herramientas tipo parted.

Puede que al instalarte un linux (una debian sarge por ejemplo), el gestor de arranque
grub te detecte todas las particiones pero al intentar arrancar la windows2000 puede que te diga: 
El siguiente archivo no se encuentra o esta dañado: system32/ntoskrnl.exe
Que putada, mi brigada!!

Bueno, me ha pasado un par de veces y las dos veces tenia la misma solucion.
Hay que editar el fichero boot.ini de windows (del XP o del 2003). Ese boot.ini es
el equivalente al lilo.conf o al grub.conf o al menu.lst de linux.
Con un win98 y un w2000 puede tener un aspecto asi:
[boot loader]
timeout=30
default=C:
[operating systems]
C:="Microsoft Windows"
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)WINNT="Microsoft Windows 2000 Server" /fastdetect
El problema es, muy probablemente, que al meter una particion nueva el numero de particion del fichero boot.ini puede no corresponderse. Y por tanto donde pone 
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)WINNT="Microsoft Windows 2000 Server" /fastdetect
Habria que poner: 
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(3)WINNT="Microsoft Windows 2000 Server" /fastdetect
El numero depende de donde se haya quedado la particion de w2000.
Para saber el numero con seguridad se puede echar un ojo en fdisk.

¿Vale, y como edito el boot.ini?
Si el XP arranca se pueden ver las dos particiones windows. En cualquier otro caso podemos
tirar de un liveCD que sea capaz de montar ntfs en modo rw
El boot.ini estara en la raiz de la particion, es decir c:/ o d:/,
si no se ve hay que cambiar las opciones de carpeta y todo eso.